삼성에버랜드는 1998년 유통사업부 발족 이후 식품연구팀을 확대해 1999년 1월 15일 식품연구소를 개소하고 식품분석, 식품위생, 신기술연구, 신상품 개발 등 종합 푸드 R&D를 도모했다. 식재료 유통ㆍ저장기술과 신속품질 평가기법 연구, 식재료 및 가공식품 성분 분석과 신속 식품안전성 분석기술 연구, HACCP 시스템 총괄을 비롯한 위생관리기법 연구 등을 목적으로 했으며, 전통ㆍ친환경 식품 등 PB상품 개발도 함께 추진하기로 했다. 용인물류센터 내에 99m²(30평) 규모로 식품연구소를 마련해 자체적인 R&D 인프라를 확보함으로써 식음 전문성을 확보하고 국민건강과 안전을 위한 푸드서비스사업의 고도화를 추구했다.

식품연구소는 먼저 김치, 된장 등 전통식품의 연구개발에 나섰다. 1997년 10월부터 한국식품개발연구원과 전통장류를, 부산대 김치연구소와 명품김치 공동연구를 진행해왔는데, 식품연구소는 이를 발전시켜 장류와 김치의 사업화를 추진했다. 이를 통해 신제품 개발과 식품분석기술에 대한 R&D 경험을 쌓을 수 있었다.

이후 식품연구소는 후레시스 등 PB상품 개발과 사업장 위생관리로 영역을 확장하며 식품 사전안전검사 등 식재료 안전성 분석과 품질관리를 중점적으로 수행해 나갔다. 위생관리기법 연구와 신속품질 평가기법 연구, 식재료 유통기술 연구, 식재료 및 가공식품 성분 분석 등을 통해 먹거리 안전의 첨병 역할을 담당했다. 대량조리와 배식을 특성으로 하는 FS사업의 특성상 위생사고 발생 시 파급효과가 매우 큰 상황에서 식품연구소를 통한 삼성에버랜드의 완벽한 식품안전 추구는 매출증대뿐 아니라 국민건강을 위한 기업의 사회적 책임을 다하기 위한 것이었다.

이러한 삼성에버랜드의 2000년 5월 한국능률협회컨설팅 주관의 한국식품안전경영대상 단체급식부문 수상으로 이어졌다. 뿐만 아니라 식품연구소는 2001년 7월 식약청으로부터 국가공인 식품위생검사기관으로 지정 받아 전문성을 국가적으로 인정받는 성과를 거뒀다. 공인인증기관은 국가기관으로부터 일정수준 이상의 시설과 능력을 인정받아 검사업무나 인증업무 등을 수행하고 공인인증서(검사성적서)를 발행하는 기관으로, 식품연구소는 국가공인 식품위생검사기관 지정을 통해 삼성에버랜드뿐 아니라 우리나라 식음문화 발전에 이바지할 수 있게 됐다.

식품연구소는 이후 2004년 2월 용인물류센터 내에 331m²(100평) 규모로 크게 확장하고 첨단 분석장비를 도입하는 등 전문 식품연구소로서 기능과 역할을 더욱 제고해 나갔다. 쌀과 밥맛 품질개선, 김치ㆍ고춧가루 품질관리 강화 등 식재료 품질개선을 주도했으며 신선도 검사, 미량영양성분 분석, GMO 분석, 수질분석 등 품질 관련 분석을 강화했다. 또 식자재 안전성 확보에 더욱 주력해 항생물질, 잔류농약, 중금속, 미생물, 식품첨가물 등 위해요소 분석활동을 활발히 펼쳤다.